Οι καλοήθεις αλλοιώσεις του ήπατος είναι σχετικά σπάνιες και περιλαμβάνουν
τόσο αληθείς νεοπλασματικές όσο και αναγεννητικές – υπερπλαστικές ογκόμορφες εξεργασίες οι συνηθέστερες των οποίων είναι: το ηπατοκυτταρικό αδένωμα (καλοήθης επιθηλιακός όγκος), η εστιακή οζώδης υπερπλασία, η οζώδης αναγεννητική υπερπλασία, το σηραγγώδες αιμαγγείωμα και οι απλές κύστεις. Ειδικότερα η εστιακή οζώδης υπερπλασία και το ηπατοκυτταρικό αδένωμα παρατηρούνται υπό μορφή μάζας σε ένα κατά τα άλλα φυσιολογικό ηπατικό παρέγχυμα, σε αντίθεση με την οζώδη αναγεννητική υπερπλασία η οποία εμφανίζεται λιγότερο συχνά σαν τέτοια, σε κλινικό τουλάχιστον επίπεδο.
Στη πλειονότητα τους οι ασθενείς είναι ασυμπτωματικοί και μόνον η παρουσία έντονων κλινικών συμπτωμάτων, η υπόνοια κακοήθειας ή ο κίνδυνος εξαλλαγής της αλλοίωσης, αποτελούν ενδείξεις για θεραπευτική αντιμετώπιση.
Οι αλλοιώσεις αυτές συχνά παριστούν διαγνωστικά διλήμματα τόσο κλινικά όσο και ακτινολογικά, επιπλέον δε σε αρκετές περιπτώσεις το υλικό της βιοψίας μπορεί να μην διαφέρει από το φυσιολογικό ηπατικό παρέγχυμα ή να μην περιλαμβάνει επαρκή στοιχεία για το διαχωρισμό των αλλοιώσεων μεταξύ τους. Χάρις όμως στις εξελιγμένες απεικονιστικές μεθόδους και στη χρήση της ανοσοϊστοχημείας, η διάγνωση τελικά είναι δυνατή σε ένα ικανό ποσοστό ασθενών, μετά από βιοψία της αλλοίωσης (core needle biopsy).
Στις υπόλοιπες περιπτώσεις απαιτείται σφηνοειδείς εκτομή ή χειρουργική αφαίρεση αυτής. Ιδιαίτερη έμφαση δίνεται στην αναγκαιότητα επικοινωνίας του Παθολογοανατόμου με τον υπεύθυνο για τον ασθενή κλινικό γιατρό, ώστε να υπάρχουν επαρκείς πληροφορίες για την τεκμηρίωση της ορθής διάγνωσης.